Masyw Babiej Góry pełni rolę działu wodnego wysokiej rangi. Potoki spływające na północ tworzą rzekę Skawicę, która wpada do Skawy, a następnie do Wisły i Morza Bałtyckiego. Potoki ze zboczy południowych wpadają do rzeki Orawy, a następnie do Wagu i Dunaju (zlewisko Morza Czarnego).
Najwyżej położone źródła na północnym stoku znajdują się przy Perci Akademików i u stóp Kościółków (ok. 1480 m n.p.m.). Przy źródłach o małej wydajności tworzą się młaki – są one wyraźnie wykształcone pod Przełęczą Jałowiecką (tam zasilają w wodę potok Jałowiec).

Spod przełęczy odgraniczających masyw Babiej Góry wypływają ważne potoki:
-spod przeł. Lipnickiej – potok Jaworzyna
-spod Przeł. Jałowieckiej – potok Jałowiec
Potoki te łączą się w Zawoi-Widłach i dają początek Skawicy.

Inne potoki występujące w masywie Babiej:
-Norczak (wypływa spod Kępy)
-Słonów Potok (spod Diablaka)
-Cylów Potok i potok Urwisko (spod Małej Babiej)

Stawki na Babiej Górze:
-Mokry Stawek – na wysokości ok. 1025 m, nieco poniżej Górnego Płaju, na stokach pod Sokolicą.
-Marków Stawek – pod Borsuczymi Skałami, w zachodniej części Górnego Płaju, jest płytki i zarasta.
-Orawski Stawek – znajduje się na stokach południowych na wysokości ok. 1450 m.
-Stawek pod Główniakiem –najwyżej położony stawek Babiej Góry (1573 m)
-Stawek Mułowy
-Czarny Stawek
[size=16][/size]